In The Deep Dark staat Magdalena Herrera, oftewel Mags, centraal. Ze staat op het punt om haar middelbare school af te ronden, maar draagt ondertussen al volwassen verantwoordelijkheden. Ze heeft een geheime relatie met een meisje dat al een vaste vriend heeft, zorgt voor haar zieke oma en werkt naast school. Daarbij heeft ze ook nog eens een geheim monster in haar kelder, dat ze voedt met haar bloed om rampspoed te voorkomen.
Wanneer haar trans vriendin Nessa terugkeert naar het dorp, komen herinneringen en gevoelens uit het verleden opnieuw naar boven. Terwijl de duisternis rondom Mags’ geheim steeds groter wordt, moet ze beslissen of ze het verborgen kan blijven houden of het eindelijk onder ogen durft te komen.
De graphic novel combineert een queer liefdesverhaal met thema’s als familie, geheimen, verlies en verantwoordelijkheid.